Сайт разработчиков ("Бернштейн-и-сыновья"), на нем есть версии программы под любую операционную систему. Наиболее распространенная версия программы под Windows располагается по ссылке ниже. Программа бесплатная, инсталляции не требует, файлы с нужным расширением узнает после первой подсказки.

Сами молекулы можно найти на сайте PDB (Банка белковых структур - но там есть и молекулы нуклеиновых кислот; для помощи в работе с сайтом см. Экскурсию по PDB), и на сайте www.nyu.edu (там есть малые молекулы - сахара, нуклеотиды, липиды, витамины). См. также мою маленькую коллекцию.

Есть также однооконная версия программы - RasTop (справа), позволяющая, к тому же, сохранять подготовленные для демонстрации модели (с выделенными группами атомов, удобными способами отображения и т.п.).

Virus Particle Explorer
Сайт с программным инструментом, с помощью которого можно для любого икосаэдрического вируса, структура капсомера которого известна (и находится в Банке белковых структур PDB) воссоздать полную вирусную частицу.
Также на сайте есть база данных со значительным количеством различных вирусных капсидов, созданных с помощью этого средства. Модели создаются в собственном формате с расширением vdb, однако эти файлы отлично открываются  RasMol (если не учитывать их размер – порядка 20 Мб – и соответственно время на обработку такого файла, впрочем, зависящего от вашего процессора; впрочем, представлять молекулярную поверхность, Molecular Surface, я бы не советовал).

См. также о моделировании вирусов тут.

Матеріали до практичної роботи   "Моделювання біополімерів" cd_ua.rar (архівний файл, 19,6 Мб)

В Интернете есть целый ряд онлайновых проектов, которые позволяют перекодировать последовательность аминокислот белка или нуклеотидов ДНК в более или менее музыкальные произведения (не визуализация, а аудилизация молекул).

PROM - Protein Music Composer
Страничка для создания музыкальных фрагментов по первичной структуре белков в формате mid. Достаточно в текстовое поле ввести последовательность аминокислот полипептида (не обязательно набирать самому - можно взять готовые последовательности в базах NCBI или ExPAsy) и нажать Submit, чтобы получить на выходе звуковой файл, например, такой:  альфа-1А-адренорецептор.

gene2music

Еще один проект, кодирующий музыкальные произведения по генам. Авторы проекта, Ри Такахаси (Rie Takahashi) и Джеффри Миллер (Jeffrey Miller) полагали, что смогут найти оригинальный подход, который не только создаст гармоничную музыку генов, но и пригодится в научных исследованиях, и  нашли способ преобразовать каждую из 20 стандартных аминокислот, из которых построены все белки, в аккорды фортепьяно. Так звучит, например,  гормон роста. Перекодировать собственный белок можно на этой странице. Статья в Мембране - тут.

Foldit 

Недавно группа американских исследователей создала полезную онлайн-игру под названием «Фолдит» (Foldit — «сложи это»). Играя в нее, вы можете помочь научному прогрессу, причем участвовать могут не только дипломированные специалисты, но и простые смертные. Вам предлагается решить одну из самых важных, обширных и нудных задач в биологии — определить правильную конформацию белка по его первичной последовательности. Но в игре от нудности не осталось и следа. На экране — разноцветная цепочка, которую надо сложить по определенным правилам. За верное решение начисляются очки, у каждого игрока есть собственный рейтинг. Можно объединяться в группы и решать задачи сообща — и при этом двигать биологию вперед.

Чтобы начать играть, надо зарегистрироваться и поставить на компьютере специальную программу. О том, как всё это сделать, написано здесь. Подробнее (а также обозначения к цифрам на рисунке справа) в "Элементах".

EteRNA
Аналогичный проект по дизайну РНК EteRNA. "Играя в EteRNA, - пишут разработчики, - вы будете участвовать в создании первой крупномасштабной библиотеки синтетических конструкций РНК. Ваши усилия будут способствовать выявлению новых принципов проектирования РНК-переключателей и наномашин - новых систем управления живыми клетками и болезнетворными вирусами. Взаимодействуя с тысячами игроков и изучая результаты реальных экспериментов, вы будете заниматься делать науку совершенно новым способом."
Справа - одно из заданий и его выполнение.

    Neurosim for Windows (Симулятор работы нейронов) 

Семейство программ (by W.J.Heitler из The Gatty Marine Laboratory, Университет св. Андрея, Шотландия), моделирующих работу как отдельных нейронов, так и нейронных сетей. Иллюстрирует передачу нервного импульса с нейрона на нейрон, работу группы нейронов, потенциалы на мембране (модель Ходжкина-Хаксли), введение в клетку микропипетки. Большой выбор параметров, которые можно произвольно менять, иллюстрация процессов на графиках, в динамике. Сами  программы - на сайте разработчиков.

Хотя "Жизнь", или  "Эволюция" Д.Конвея и представляет собой игру, основанную на теории клеточных автоматов, она настолько напоминает все то, что происходит в живом мире, что от игры иногда тяжело оторваться. Основная идея игры состоит в том, чтобы, начав с какого-нибудь простого расположения живых клеток, проследить за эволюцией исходной позиции под действием генетических законов Конвея, которые управляют рождением, гибелью и выживанием клеток. Модифицируя эти параметры, можно наблюдать динамику клеточных популяций, а также упорядоченные структуры, возникающие при клеточном развитии. Игру можно скачать бесплатно c ряда сайтов, например, с сайта Антона Дубины, а также с http://freeware.ru/. Особенно удачна с точки зрения программирования версия Life 32 (169  кб в zip-архиве) by Johan Bontes - ee Homepage. Подробный рассказ об игре на сайте Истинного жизнелюба  В. Скляра, «Такова "Жизнь"» на Научном форуме http://lib.mexmat.ru/. См. также Cellular Automata explorer by Mirek Wojtowicz с "цветной" версией "Жизни".
Интересные модели популяций есть также на сайте В.И.Грабовского. И, конечно - NetLogo - среда и изрядный набор имитационных моделей биологических (и не только) процессов и явлений - инсталлятор 58 Мб (но только на английском). По-русски см. о NetLogo на Летописи.RU.

Spore: редактор существ

На сайте известной игры-симулятора жизни и общества Spore выложен в открытом доступе на ряду с покупной полной версией демонстрационный, т.е. несколько обрезанный по функциональности, редактор существ "Лаборатория Существ Spore".
С точки зрения преподавания биологии очень милая игрушка: создать максимально адаптированное к заданным условиям существо - вполне интересная биологическая задача. Равно как и создать максимально абсурдное с точки зрения принципов биологии существо - тоже забавно. И выяснить, чем же они отличаются...
Впрочем, отдельно взятое существо создавать не очень интересно - надо как минимум с двумя соседями по пищевой цепи, чтобы понимать, как он адаптирован кушать того, кого кушает, и как - уходить от того, кто намеревается скушать его. Гонка вооружений, снова обед или жизнь...

SellCode + 2.0,
SellCode 3.0 (украиноязычная версия)

Программа для проверки штрихкодов и пищевых добавок, включаемых в состав пищевых продуктов. Сайт разработчика http://www.griban.by.ru/ в процессе перманентного обновления. Саму программу (3-я версия, 552 кб) можно скачать с сайта. Разработчик о ней отзывается так:
Вы когда-нибудь задумывались из чего состоит то, что вы едите... Тогда эта программа для Вас! Она сможет по Е-коду (обозначения пищевых добавок) вычислить тип вещества, его воздействие на организм, дать совет по употреблению.
Очень, ну просто очень полезная и необходимая в хозяйстве штука.
Очень хороша для проведения лабораторных работ по экологии и биологии человека. См. лабораторную работу по экологии человека.
О штрих-кодах и Е-кодах на сайте автора программы есть и статья.

ПРОГРАММЫ СОСТАВЛЕНИЯ РОДОСЛОВНЫХ

Стандарт файлов родословных - *.ged (иконка слева). Вместе с тем, ряд программ имеет собственные, внутренние форматы.

GenoPro

Сайт программы. Дистрибутив 2,13 Мб. Достаточно мощная и многофункциональная программа, строящая родословные (почти) по правилам медико-генеалогического анализа, с использованием медицинской символики. Стоимость $49 (демоверсия с ограничениями, например, на сохранение родословных не более 25 членов; ознакомительная версия – 14 дней, лицензия для учебных заведений – 180 дней). Широкий ассортимент демонстрируемых связей (в т.ч. внутрисемейных отношений,  эмоциональных, социальных и др.).
Цели использования: Подготовка родословных к задачам, анализ родословных с добавлением текстовых комментариев. Менее реально – создание учениками родословных по условию задач (относительно сложный функционал). Возможность выполнения проектов по составлению больших родословных группами учащихся, в т.ч. с демонстрацией социальных связей и эмоциональных отношений (интегрированный проект с литературой - персонажи романа). Пример - родословная героев Поттерианы, в т.ч. самого Г. Поттера, а также родословная для задачи, в которой нужно рассчитать вероятность рождения больных детей в паре, отмеченной стрелкой. Идеальна для составления геносоциограмм (см. тут и тут).
Локализованный (и бесплатный) вариант под именем "Живая Родословная"  (7,55 Мб) - в коллекции ЦОР НФПК.