Навигация

Памятка по использованию командного окна программы RasMol

Главная
Об авторе
     Урочное:
Биология + компьютер:
         полные уроки по типам
Компьютерные программы
         на уроках
 Биософт                 Планшет
 Учебные рисунки и
           карикатуры
 Фотографии           Проекты
 Художественная
         литература на уроке
 Наглядные пособия
 Олимпиадное
 Книги и статьи
 ''Биология-10'':
         попытка учебника
 ''Игра и биология''
 ''Информационная
       культура и/или компьютер
       на уроках биологии''
 ИУМК ''Экология.          Конструирование
         биосферы''
 Проектно-ролевая игра
         ''Генная инженерия''
 ''Библейская генетика''
 Рабочие тетради
         по общей биологии
 Педагогическое
 Блог

Пам'ятка українською.

После запуска программы RasMol на панели задач внизу появляется свернутое командное окно RasMol Command Line, которое активизируется кликом мыши. Если уменьшить его размеры, можно иметь на экране одновременно и рабочее окно программы с молекулой, и командное окно.

Нажатие левой клавиши мыши на атоме в основном окне дает его краткую характеристику в командном, например:

Atom: CA 2092 Group: Asp 54 Chain: H

( α -углеродный атом, 2092-й в молекуле, входит в состав аспарагиновой кислоты, стоящей на 54 месте в Н-цепи молекулы).

При помощи командного окна можно выполнять на клавиатуре все операции, доступные через пункты меню основного окна программы, а также выделять отдельные атомы и группы в молекуле, изменять фон изображения и др.

Выделение осуществляется вводом select, обозначения объекта выделения и нажатием Enter. Можно выделять:

атомы определенного химического элемента (по порядковому номеру в Периодической таблице Д.И.Менделеева (например, кислород:)

select elemno=8

определенное вещество (например, воду:)

select HOH

определенные аминокислоты (используются стандартные трехбуквенные латинские обозначения)

select lys
select lys, arg, val

конкретную аминокислоту

select asp54

группы аминокислот (полярные, кислые, основные, гидрофобные и др.)

select hydrophobic select polar

небелковые компоненты молекулы (гетероатомы)

select hetero

После выделения атомов или групп можно изменять их отображение при помощи команд пунктов меню Display, Colours. После выделения все команды касаются только выделенных элементов молекулы; чтобы снова изменять всю молекулу в целом, необходимо ввести select all, или использовать пункт меню Edit - Select all.

Командное окно позволяет также изменять цвет фона (введением англ. слова "Фон" и желаемого цвета):

background white

Можно также вращать молекулу на заданное число градусов по любой из осей (x, y, z):

rotate x - 5
rotate z 15

(не забывайте оставлять пробелы между обозначением оси, направлением поворота и градуса поворота).

Другие возможности программы можно освоить с помощью User Manual пункта меню Help или путем проб и ошибок.