Пам'ятка українською.
После запуска программы RasMol на панели задач внизу появляется свернутое командное окно RasMol Command Line, которое активизируется кликом мыши. Если уменьшить его размеры, можно иметь на экране одновременно и рабочее окно программы с молекулой, и командное окно.
Нажатие левой клавиши мыши на атоме в основном окне дает его краткую характеристику в командном, например:
Atom: CA 2092 Group: Asp 54 Chain: H
( α -углеродный атом, 2092-й в молекуле, входит в состав аспарагиновой кислоты, стоящей на 54 месте в Н-цепи молекулы).
При помощи командного окна можно выполнять на клавиатуре все операции, доступные через пункты меню основного окна программы, а также выделять отдельные атомы и группы в молекуле, изменять фон изображения и др.
Выделение осуществляется вводом
select, обозначения объекта выделения и нажатием Enter. Можно выделять:
|
атомы определенного химического элемента (по порядковому номеру в Периодической таблице Д.И.Менделеева (например, кислород:) |
select elemno=8 |
|
определенное вещество (например, воду:) |
select HOH |
|
определенные аминокислоты (используются стандартные трехбуквенные латинские обозначения) |
select lys
select lys, arg, val |
|
конкретную аминокислоту |
select asp54 |
|
группы аминокислот (полярные, кислые, основные, гидрофобные и др.) |
select hydrophobic select polar |
|
небелковые компоненты молекулы (гетероатомы) |
select hetero |
После выделения атомов или групп можно изменять их отображение при помощи команд пунктов меню Display, Colours. После выделения все команды касаются только выделенных элементов молекулы; чтобы снова изменять всю молекулу в целом, необходимо ввести
select all, или использовать пункт меню Edit - Select all.
Командное окно позволяет также изменять цвет фона (введением англ. слова "Фон" и желаемого цвета):
background white
Можно также вращать молекулу на заданное число градусов по любой из осей
(x, y, z):
rotate x - 5
rotate z 15
(не забывайте оставлять пробелы между обозначением оси, направлением поворота и градуса поворота).
Другие возможности программы можно освоить с помощью User Manual пункта меню Help или путем проб и ошибок.
