|
 Банк белковых структур
PDB - крупнейший в Сети центр накопления и хранения
информации об изученных структурах белков. При обращении к ссылке открывается старица, верхнюю часть которой Вы видите.Кроме привычных для любого приличного сайта краткого описания, пояснения возможностей PDB и способов контактов с разработчиками, важнейшей для пользователя является система поиска интересующей молекулы (в
центре - Search the Archive). Осуществляется это несколькими способами:
 1) По известному индексу. Если Вы посещаете сайт не
первый раз и Вам уже известен принятый здесь код интересующей молекулы (PDB
ID), например: 1A7W - молекула гистона; 1BGX - РНК-полимераза, 1ITB - иммуноглобулин. Тогда код с клавиатуры вводится в окно
поиска, и остается нажать Site
Search.
На сайте размещен графический каталог
наиболее важных (популярных) молекул с их
PDB ID "Molecular
Machinery: A Tour of the Protein Data Bank",
нарисованный David S. Goodsell ( формат А4 - 5 Мб, формат постера
(А1, лист ватмана) - 31 Мб).
Если есть возможность распечатать - получается
отличная таблица для кабинета биологии; в больших городах стоимость
распечатки постера составляет $12-18.
Остается выбрать из предложенного списка файлов нужный (понравившийся) и нажать левой кнопкой мыши EXPLORE,
ссылки в таблице работают!) .
 3. Поиск по биологической роли и
другим признакам. Это своего рода экспертная система,
которая открывается при нажатии на
Advanced Search.
В ней можно последовательно уточнять запросы поиска по месту в базе, по
особенностям состава и даже биологической активности. Количество структур,
найденных по таким уточненным запросам, будет постоянно уменьшаться (иногда до
0...); есть также анимированная подсказка,
Advanced Search Tutorial (Requires Flash).
В результате Вы также попадете на страницу с общей информацией об этой молекуле Summary Information и сможете перейти к загрузочной странице, нажав на гиперссылку Download/Display File (слева на голубом фоне).
В нижней части открывшейся страницы есть таблица, в которой и находятся PDB-файлы. Можно сохранять как файлы без архивации (none), так и заархивированные Unix (Unix compressed), GNU zipped ("gzipped") или обычным ZIPом (ZIPped, самый предпочтительный вариант по соотношению "Простота/Скорость загрузки"). Нажатие правой кнопки мыши на нужной ссылке вызывает меню, в котором выбирается "Сохранить объект как…" и указывается директория на Вашем жестком диске, в которую будет скопирован файл. Внимание! Заархивированные ZIP-файлы могут скачиваться без расширения и не всеми версиями архиватора узнаваться! Избежать стресса легко - надо добрать после названия файла требуемое расширение (.zip). Таблица в нижней правой части страницы Download/Display File выглядит так (ссылки работают для гемоглобина а, код PDB ID 1BIJ):
Choose from the following file and compression
formats:
|
file format |
|---|
| compression |
PDB |
mmCIF |
| none |
X |
X |
| Unix compressed |
X |
X |
| GNU zipped ("gzipped") |
X |
X |
| ZIPped |
X |
X |
В новых вариантах оформления сайта значительно
расширены возможности онлайнового представления молекул в разделе View Structure (Просмотр
структуры). Предлагается возможность
рассмотреть молекулу, страница которой
открыта, в разных программах, в т.ч. и в
упрощенной Java-версии QuickPDB.
Это минимальный набор последовательностей действий, который может понадобиться практически не знающему английского языка пользователю, чтобы найти и скачать интересующую молекулу белка из Банка белковых структур PDB. Экскурсовод оставляет желающих побродить по россыпям ресурсов самостоятельно.
Успехов и интересных находок!
|
