Навигация

Трехмерные модели молекул в PDB и XYZы
Главная
Об авторе
     Урочное:
Биология + компьютер:
         полные уроки по типам
Компьютерные программы
         на уроках
 Биософт                 Планшет
 Учебные рисунки и
           карикатуры
 Фотографии           Проекты
 Художественная
         литература на уроке
 Наглядные пособия
 Олимпиадное
 Книги и статьи
 ''Биология-10'':
         попытка учебника
 ''Игра и биология''
 ''Информационная
       культура и/или компьютер
       на уроках биологии''
 ИУМК ''Экология.          Конструирование
         биосферы''
 Проектно-ролевая игра
         ''Генная инженерия''
 ''Библейская генетика''
 Рабочие тетради
         по общей биологии
 Педагогическое
 Блог

Моделирование молекул на компьютере широко распространено среди ученых и преподавателей. Существует много программ визуализации молекул, работающих под разными операционными системами. Наиболее распространенной и удобной как для рядового пользователя, так и для профессионала является программа "RasMol Molecular Visualisation Program" (см. БиоСофт, а также урок "Классификация белков"). Сами молекулы можно найти на сайте PDB (Банка белковых структур - но там есть и молекулы нуклеиновых кислот; для помощи в работе с сайтом см. Экскурсию по PDB), на сайте www.nyu.edu (там есть небольшие молекулы - сахара, нуклеотиды, липиды, витамины); модели небольших молекул биологически активных веществ можно найти также на сайте Klotho. 
Модели не всех интересных веществ можно найти готовыми, поэтому и создана эта небольшая коллекция. Находящиеся в ней модели созданы в Chem3D и переведены в формат PDB; для удобства представления выполнены версии в MoleculeViewer (XYZ).

Тетродотоксин - яд рыбы фугу (иглобрюха), блокатор натриевых каналов мембраны нейронов (тем самым блокирует проведение нервного импульса по нейронам и вызывает паралич дыхания). На рисунке слева и модели посередине представлена активная, ионная форма молекулы, справа - неактивная незаряженная форма.
alt="Your browser understands the <APPLET> tag but isn't running the applet, for some reason." Your browser is completely ignoring the <APPLET> tag!
Скачать: ttx.pdb (5,52 кб).

Терпены - производные изопрена С5Н8. В их молекулах остатки изпрена соединены между собой, количество звеньев варьирует от 2-3 (эфирные масла) до n (каучук, гуттаперча). Из терпенов (сквалена, 6 изопреновых единиц) в организме синтезируются стероиды (например, холестерол).
Подробнее о терпенах - см. статью "Молекулярный конструктор" (54 кб).
В архивном файле coll01.rar (7.3 кб) - терпены, состоящие из 2-3 изпреновых единиц (ментол, зингиберен, цитраль, лимонен, туйон - на рис. слева, входит в состав абсента)  alt="Your browser understands the <APPLET> tag but isn't running the applet, for some reason." Your browser is completely ignoring the <APPLET> tag!
Трехмерная модель холестерола. Скачать: cholesterol.pdb (2,14 кб).
В архивном файле coll02.rar (12.4 кб) - терпены, состоящие из 4-8 изпреновых единиц: каротиноиды (каротин, зеаксантин, астаксантин) и ретиналь, витамин А - на рис. вверху, транс-форма), а также полимеры изопрена.