|
Пам'ятка українською
Файлы с расширением
.pdb и .ent открываются после запуска программы через
пункт меню File - Open.
В пункте меню File, кроме обычных команд
(Open - Открыть,
Close - Закрыть, Exit -
Выйти из программы, а также Print -
Печать), есть пункт
Information с краткой информацией о молекуле. Полную информацию, в т.ч. о
первичной структуре белка, можно получить, если открыть файл как текстовый
(открыть с помощью программ Блокнот (Notepad)
или WordPad, Word).
Вращение молекулы осуществляется передвижением мыши при нажатой левой кнопке
или при помощи полос прокрутки справа и внизу. Движение мыши при нажатой левой
кнопке и удерживаемой клавише Shift изменяет масштаб изображения.
Пункт меню
Edit позволяет, например, выделить все атомы
молекулы (Select all).
Пункт меню Display - выбор варианта
отображения структуры белка:
|
Wireframe |
тонкая "проволочная" модель (открывается по умолчанию) |
|
Backbone |
каркасная модель, отображающая только расположение основных атомов
углерода и азота цепи белка |
|
Sticks |
каркасная "палочная" модель, показывающая и радикалы
аминокислот |
|
Spacefill |
атомы показываются в виде крупных шаров (т.е. реальных
пропорций) |
|
Ball & Stick |
("шары и палки") - отображает атомы и связи между ними |
|
Ribbons |
показывает элементы вторичной структуры белка как ленты |
|
Strands |
то же, но в виде тонких линий |
|
Curtoons |
то же, но в виде объемных ("картонных") полос |
Пункт меню Colours позволяет изменить цвет
атомов и структур в молекуле:
|
Monochrome |
черно-белое изображение |
|
CPK |
атомы окрашиваются по международной номенклатуре (кислород - красным,
азот - синим и т.п.) |
|
Shapely |
выделение каждой аминокислоты своим цветом |
|
Group |
порядок расположения групп в большой молекуле цветовым переходом
(Каждый Охотник Желает Знать, Где Сидит Фазан) |
|
Chain |
выделение отдельных цепей в молекуле белка с четвертичной
структурой |
|
Temperature |
отображает относительную подвижность атомов при нагревании |
|
Structure |
выделяет цветом элементы вторичной структуры (a-спирали - красным,
b-складчатые листы - желтым, неспирализованные участки - синим, небелковые
компоненты - красным) |
Наиболее часто используемые комбинации этих команд показаны на рисунках
ниже:
|
Sticks - CPK |
Spacefill - CPK |
Ball & Stick - CPK |
|
 |
 |
 |
|
Ribbons - Group |
Ribbons - Structure |
Curtoons - Group |
|
|
|
|
Пункт меню Export позволяет сохранить полученное изображение в
отдельном файле (чаще используют BMP и GIF). Из серии сохраненных рисунков можно
создать фильм (анимацию).
С остальными возможностями
программы можно ознакомиться, прочитав User
Manual в пункте меню Help или методом проб и ошибок.
|
