Навигация

Памятка по использованию программы RasMol

Главная
Об авторе
     Урочное:
Биология + компьютер:
         полные уроки по типам
Компьютерные программы
         на уроках
 Биософт                 Планшет
 Учебные рисунки и
           карикатуры
 Фотографии           Проекты
 Художественная
         литература на уроке
 Наглядные пособия
 Олимпиадное
 Книги и статьи
 ''Биология-10'':
         попытка учебника
 ''Игра и биология''
 ''Информационная
       культура и/или компьютер
       на уроках биологии''
 ИУМК ''Экология.          Конструирование
         биосферы''
 Проектно-ролевая игра
         ''Генная инженерия''
 ''Библейская генетика''
 Рабочие тетради
         по общей биологии
 Педагогическое
 Блог

Пам'ятка українською

Файлы с расширением .pdb и .ent открываются после запуска программы через пункт меню File - Open.

В пункте меню File, кроме обычных команд (Open - Открыть, Close - Закрыть, Exit - Выйти из программы, а также Print - Печать), есть пункт Information с краткой информацией о молекуле. Полную информацию, в т.ч. о первичной структуре белка, можно получить, если открыть файл как текстовый (открыть с помощью программ Блокнот (Notepad) или WordPad, Word).

Вращение молекулы осуществляется передвижением мыши при нажатой левой кнопке или при помощи полос прокрутки справа и внизу. Движение мыши при нажатой левой кнопке и удерживаемой клавише Shift изменяет масштаб изображения.

Пункт меню Edit позволяет, например, выделить все атомы молекулы (Select all).

Пункт меню Display - выбор варианта отображения структуры белка:

Wireframe

тонкая "проволочная" модель (открывается по умолчанию)

Backbone

каркасная модель, отображающая только расположение основных атомов углерода и азота цепи белка

Sticks

каркасная "палочная" модель, показывающая и радикалы аминокислот

Spacefill

атомы показываются в виде крупных шаров (т.е. реальных пропорций)

Ball & Stick

("шары и палки") - отображает атомы и связи между ними

Ribbons

показывает элементы вторичной структуры белка как ленты

Strands

то же, но в виде тонких линий

Curtoons

то же, но в виде объемных ("картонных") полос

Пункт меню Colours позволяет изменить цвет атомов и структур в молекуле:

Monochrome

черно-белое изображение

CPK

атомы окрашиваются по международной номенклатуре (кислород - красным, азот - синим и т.п.)

Shapely

выделение каждой аминокислоты своим цветом

Group

порядок расположения групп в большой молекуле цветовым переходом (Каждый Охотник Желает Знать, Где Сидит Фазан)

Chain

выделение отдельных цепей в молекуле белка с четвертичной структурой

Temperature

отображает относительную подвижность атомов при нагревании

Structure

выделяет цветом элементы вторичной структуры (a-спирали - красным, b-складчатые листы - желтым, неспирализованные участки - синим, небелковые компоненты - красным)

Наиболее часто используемые комбинации этих команд показаны на рисунках ниже:

Sticks - CPK

Spacefill - CPK

Ball & Stick - CPK

Ribbons - Group

Ribbons - Structure

Curtoons - Group

Пункт меню Export позволяет сохранить полученное изображение в отдельном файле (чаще используют BMP и GIF). Из серии сохраненных рисунков можно создать фильм (анимацию).

С остальными возможностями программы можно ознакомиться, прочитав User Manual в пункте меню Help или методом проб и ошибок.