Навигация

Урок "Классификация белков"

Главная
Об авторе
     Урочное:
Биология + компьютер:
         полные уроки по типам
Компьютерные программы
         на уроках
 Биософт                 Планшет
 Учебные рисунки и
           карикатуры
 Фотографии           Проекты
 Художественная
         литература на уроке
 Наглядные пособия
 Олимпиадное
 Книги и статьи
 ''Биология-10'':
         попытка учебника
 ''Игра и биология''
 ''Информационная
       культура и/или компьютер
       на уроках биологии''
 ИУМК ''Экология.          Конструирование
         биосферы''
 Проектно-ролевая игра
         ''Генная инженерия''
 ''Библейская генетика''
 Рабочие тетради
         по общей биологии
 Педагогическое

Для работы с этим ресурсом Вам понадобится программа RasMol. Если Вы этого еще не сделали, ее можно скачать и инсталлировать отсюда
Версию для Windows можно скачать и с этого ресурса:

raswin.exe "RasMol V2.5 Molecular Visualisation Program" - программа визуализации молекул (341 кБ).
raswin.hlp "Help" - руководство для пользователей (62,5 кБ).


Предыдущая тема познакомила с составом и строением белков как биополимеров, классификацией аминокислот, их соединением при помощи пептидных связей и структурами белка. Необходимые для этой темы вопросы вошли в предлагаемую проверочную работу.

Кроме того,  потребуется набор моделей молекул в форматах *.pdb и *.ent - они находятся в архивном файле (rar-архив, 163 кб), который нужно скачать, распаковать и открыть папку, обращаясь к конкретной молекуле в зависимости от задания. Все созданные файлы изображений, а также текстовый отчет в формате MS Word сохраните в собственном портфолио для оценки.

Для выполнения проверочной работы Вам понадобится навык работы с программой  RasMol, поэтому при необходимости повторения обратитесь к Памятке по использованию программы RasMol.

Белки - самый многообразный класс органических веществ.
Вопрос 1. Почему белки более разнообразны, чем полисахариды?
Поэтому существуют разные классификации белков:

1. По составу:

Простые (протеины)

Состоят только из аминокислот, образующих полипептидную цепь (яичный альбумин, кератин шелка)

Сложные (протеиды)

Состоят из полипептидной цепи и небелкового компонента, в зависимости от которого называются:

  • Металлопротеиды - содержат ионы металлов (многие ферменты);
  • Гемопротеиды - содержат гем с ионом металла (гемоглобин -  послушать первичную структуру белка, каталаза, цитохромы -   послушать первичную структуру цитохрома с);
  • Фосфопротеиды - содержат остатки фосфорной кислоты (казеин молока);
  • Липопротеиды - содержат липиды (родопсин - содержит витамин А, ретиналь);
  • Гликопротеиды - содержат углеводы (иммуноглобулины);
  • Нуклеопротеиды - комплекс белка с нуклеиновыми кислотами (хромосомы).
    О записи первичной структуры белков и нуклеиновых кислот как музыке см. Биософт

Внимание: начинается группа вопросов, ответы на которые вместе с созданными иллюстрациями образуют Отчет о работе. Для него необходимо создать текстовый файл MS Word с указанием авторства.


Вопрос 2. Рассмотрите предложенный белок pdb1cyo.ent. Как Вы думаете, это простой белок или сложный?


Подсказка. Желательно попытаться выделить в белке небелковые группы. Если Вы забыли, как это делается, обратитесь к Памятке по использованию командного окна программы RasMol.

При желании в Отчет можно вставить рисунок, иллюстрирующий Ваш ответ максимально наглядно.

2. По структуре:
Фибриллярные : Нитевидные, имеют только выраженную вторичную структуру, нерастворимы в воде, выполняют структурную, сократительную функции (коллаген - рис. слева, кератин)

Глобулярные : Имеют молекулу в виде шарика (глобулы), хорошо выраженную третичную структуру, растворимы в воде, выполняют сложные функции - каталитическую, регуляторную, защитную и др. (фермент триозофосфатизомераза - рис. справа, гормоны, гемоглобин)

Мембранные : Также имеют молекулу в виде глобулы и хорошо выраженную третичную структуру, но не растворимы в воде за счет гидрофобных участков, взаимодействующих с липидами мембран, выполняют транспортную (сквозь мембрану) и сигнальную функции (порин - рис. слева, родопсин)
См. модель мембранного белка из бумаги

Трехмерную модель расположения порина в плазматической мембране бактерии можно рассмотреть, кликув по рисунку справа (3,4 Мб, с сайта proinformatix, на котором также можно найти и другие анимации с моделями белков).

Вопрос 3. Как можно по расположению аминокислот, входящих состав белка, отличить мембранный белок от глобулярного? Сделаем это на конкретном примере: рассмотрите белки 1a7w.ent  и pdb1a11.ent . Какой из этих белков мембранный, а какой - глобулярный? Проиллюстрируйте ответ рисунками.


Подсказка. Подумайте, какие группы аминокислот лучше выделить для ответа на вопрос.
3. По функциям:

1. Каталитическая

Ферменты (энзимы) - увеличивают скорость протекания химических реакций (каталаза, пепсин, трипсин)

Вопрос 4. Рассмотрите рис., изображающий фермент трипсин. На нем выделены аминокислоты, входящие в активный центр белка. Как видите, их немного. Зачем нужны остальные аминокислоты этой молекулы?

См. также стерическое соответствие, фермент и субстраты (в Excel)

2. Транспортная

Перенос веществ (гемоглобин, липопротеины крови)

3. Регуляторная

Гормоны белковой природы (АКТГ, инсулин, гормон роста -  послушать первичную структуру белка)

4. Сигнальная

Белки, реагирующие на внешние сигналы (родопсин, рецепторы вкуса)

5. Запасная

Яичный альбумин, казеин молока

Вопрос 5. Рассмотрите белок 2fha.pdb . Что запасается в организме этим белком?

6. Структурная

Белки соединительной ткани (коллаген), роговых образований - волос, ногтей (кератин)

7. Сократительная

Белки мышечной ткани (актин, миозин)

8. Защитная

Иммуноглобулины; фибриноген плазмы (свертывание крови)

9. Токсины

Яды белковой природы (чаще всего - ферменты по механизму действия, как змеиные яды); дифтерийный и ботулинический токсины

Вопрос 6. Недавно большое внимание привлекли к себе такие белки, как шапероны. Найдите с помощью поисковой системы Яндекс, каковы функции этих белков? Какое второе название они имеют и почему?

Дополнительные задания.

а) Задание для веб-серфинга - Экскурсия по Банку белковых структур PDB.

С этой страницы можно начать настоящий поход по сайту PDB, научиться осуществлять разными способами поиск и копирование интересующего белка. Завершите экскурсию копированием на жесткий диск заархивированных ZIP-файлов с информацией о структуре 2-3 белков, желательно не тех, на которые имеются прямые или косвенные ссылки на странице Экскурсия по PDB.

б) Теоретическое задание.

В 1875 году Иоганн Фридрих Мишер выделил из гноя больничных бинтов новое вещество, которое он назвал нуклеином. Позже оказалось, что это вещество разделяется на две фракции - кислую и основную. Кислая фракция называется сейчас дезоксирибонуклеиновой кислотой. Как называются белки основной фракции? Как в их молекулах расположены радикалы основных аминокислот?
Для подготовки ответа можно найти pdb-файл самостоятельно или (что менее ценно) воспользоваться файлом
1a7w.ent

в) Практическое задание.

Создание фильма (анимации), иллюстрирующей структуру белка, а также возможности программы RasMol. Желательно создание не только видеоряда, но и звукового сопровождения, т.к. этот навык будет использован позже при выполнении другого творческого задания.

Для более аккуратного вращения молекулы можно использовать команду Rotate - см. Памятку по использованию командного окна программы RasMol

г) Обзорное задание.

Подготовка краткого указателя по статьям о шаперонах в Рунете (адрес, краткое содержание статьи и ее оценка)


Публикация: Золотая рыбка в «сети». Интернет-технологии в средней школе (Практическое руководство). // Под ред. Ольховской Л.И., Рудаковой Д.Т., Силаевой А.Г. – М.: Прожект Хармони, Инк., 2001, С. 156-159.
В оформлении страницы использованы иллюстрации из книги А.В. Финкельштейна Введение в физику белка.